СОС Дитячі Містечка Україна дбайливо ставиться до своєї репутації, яка безпосередньо впливає на благодійні надходження та сталий розвиток. Облік і контроль усіх фінансових операцій здійснюється в двох бухгалтерських системах згідно національних та міжнародних стандартів бухгалтерського обліку. Організація дотримується усіх строків подання фінансової звітності згідно національних та внутрішніх SOS Children’s Villages International термінів.
СОС Дитячі Містечка Україна та всі її підрозділи проходять щорічний аудит фінансової звітності. Згідно вимог незалежну сертифіковану аудиторську компанію затверджує Правління. Критерієм вибору є найкраща пропозиція ціни та якості. З моменту заснування організація пройшла 16 незалежних зовнішніх щорічних фінансових аудитів з усіма позитивними результатами, що впливає на довіру міжнародних та місцевих благодійників. Протягом останніх трьох років аудит здійснювали висококваліфіковані аудитори міжнародної компанії німецького походження Rödl & Partner.
Окрім щорічного аудиту фінансової звітності, після завершення реалізації грантових проєктів з цільовим фінансуванням, відбувається аудиторська перевірка таких проєктів. Протягом останніх 5 років відбувались аудиторські перевірки реалізованих грантових проєктів, які фінансувались UNICEF, UNDP, EU, Dutch Relief Alliance, Caritas, Pope for Ukraine та ін., були отримані позитивні аудиторські висновки.
У 2020 році організація пройшла верифікацію на прозорість та порядність неприбуткових організацій від ГО «Черіті Тюнер», за результатами перевірки СОС Дитячі Містечка Україна віднесена до надійних НПО.